Теориите, за това как невротрансмитерите могат да бъдат свързани с настроението на човека, са въз основа на ефектите, които антидепресантите могат да имат върху облекчаването на депресия при някои хора. Смята се, че тези лекарства са ефективни, защото те регулират количестовото на определени невротрансмитери в мозъка. Въпреки това, ролята, която невротрансмитерите играят в развитието или лечение на клинична депресия, не е напълно ясно. Така например е доказано, че много хора, които са депресирани, имат ниски нива на невротрансмитера норепинефрин. Употребата на някои антидепресанти може да увеличи нивото на норепинефрин в мозъка и това да доведе до облекчаване на депресивните симптоми. От друга страна обаче е доказано също, че при други хора с клинична депресия, нивата на норадреналин са високи. Същият този сценарий може да важи и за други невротрансмитери.
Друга причина, поради която ролята на невротрансмитерите в лечението на депресия не е ясна, е това, че АНТИДЕПРЕСАНТИТЕ НЕ РАБОТЯТ ЗА ВСИЧКИ ХОРА.
Ако имаше пряка причинно-следствена връзка между нивото на невротрансмитерите в мозъка и депресията, тогава трябваше да очакваме много по-висок процент на успеваемост с медикаментозното лечение. Освен това, въпреки че антидепресантите могат да променят нивото на невротрансмитери в мозъка веднага, обикновено отнема няколко седмици за един човек с депресия да се чувствате по-добре. Както изглежда, всичко се свежда до факта, че връзката между нивата на невротрансмитери в мозъка и клинична депресия е силна и че антидепресантите работят за много хора, но не е напълно ясно каква е действителната връзка между невротрансмитерите и депресия.
Причината, поради която ние не знаем повече за ефекта на невротрансмитерите се корени във факта, че те са много трудни за изучаване. Невротрансмитерите са в много малки количества, те се намират само на определени места в мозъка и изчезват много бързо, след като са били използвани. И именно защото изчезват толкова бързо, няма как да бъдат измерени. Всъщност, учените измерват само това, което е останало след използването им в мозъка. Веществата, които остават, се наричат метаболити и могат да бъдат намерени в кръв, урина и гръбначно-мозъчната течност. Чрез измерване на тези метаболити изследователите могат да получат повече информация за последиците от промените в невротрансмитерите в мозъка.
Важно е да се знае, че не е известно дали промените в нивата на невротрансмитерите водят до развитието на депресия или депресията води до промени в невротрансмитерите. Това може да се случи в двете посоки. Изследователите смятат, че нашето поведение може да повлияе на химията на мозъка ни и че химията на мозъка може да повлияе на поведението ни. Например, ако човек преминава през много стресови фактори и травмиращи ситуации, това може да засегне неговата химична дейност, което да доведе до клинична депресия. От друга страна, същият този човек може да се научи как да контролира депресивните мисли и нездравото си поведение и как да отработва стресови събития. Това може да се променя химичният баланс и да го изведе от депресията.